Kelembagaan pengelolaan Kaki Langit akan terbagi atas 2 (dua) unit manajemen yang terdiri dari manajemen etik dan manajemen operasional yang tidak terpisahkan dari keorganisasian Katahati Institute.
Dalam praktik kesehariannya, manajemen operasional Rumah Pengetahuan Kaki Langit akan diselenggarakan oleh beberapa petugas khusus yang bertanggung jawab dalam penyelenggaraan kegiatan, pengelolaan aset dan sumberdaya, pengelolaan media, serta menyiapkan strategi pengembangan. Pertanggung jawaban operasional dikendalikan oleh Direktur Eksekutif Katahati Institute.
Etik, pengendalian kualitas, hak kekayaan intelektual, pengawasan dan evaluasi akan dikelola manejemn etik disebut Wali Amanah yang juga bertugas menyiapkan fokus, agenda pembelajaran, kerangka proses identifikasi dan penggalian pengetahuan, kerangka konsolidasi, serta kerangka pemantauan dan evaluasi. Wali Amanah juga dapat disebut sebagai pengarah dari pengelolaan Rumah Pengetahuan Kaki Langit serta menjadi kelembagaan pendukung dalam penggalangan sumber dana.
Keanggotaan Wali Amanah dibatasi selama 3 (tiga) tahun dengan melibatkan unsur Katahati Institute sebagai salahsatu anggota Wali Amanah. Proses pemilihan dan penetapan Wali Amanah dilakukan melalui proses konsultasi dan konfirmasi oleh manajemen Kaki Langit.
Beberapa metode dan kriteria penglibatan calon Wali Amanah dilakukan dengan mendorong keterlibatan inklusif dari perwakilan masyarakat sipil dan atau masyarakat bisnis dan atau masyarakat politik, bersifat sukarela, memiliki kepedulian terhadap pengetahuan yang berasal dari masyarak sipil, memiliki waktu dan kesediaan, serta mewakili setiap sektor pengetahuan yang menjadi sumber pengetahuan (Pemenuhan Hak-Hak Dasar, Perdamaiaan dan Resolusi Konflik, Tata Kelola Pemerintahan, Pengelolaan Sumber Daya Alam dan Kebencanaan, dan Partisipasi Publik).